Lahirnya sebuah desa tidak terlepas dari suatu sejarah atau peristiwa di masa lampau. Terkadang kata dari nama desa itu sendiri diambil dari nama peristiwa penting yang menjadi sejarah dari suatu daerah, seperti halnya Desa Margoyoso. Desa Margoyoso terletak di Kecamatan Kecamatan Kabupaten Jepara mempunyai luas keseluruhan desa 126,622 Hektar (Ha) dengan batas sebelah utara yaitu desa krasak dan Banyuputih yang perbatasannya ditandai dengan sungai. Batas wilayah sebelah selatan dengan desa Kriyan dan Bakalan yang perbatasannya dengan ditandai jalan raya. Batas wilayah sebelah barat dengan desa Sendang yang perbatasannya ditandai dengan jalan raya. Dan perbatasan sebelah timur dengan desa Pendosawalan yang perbatasannya ditandai dengan sungai.
Desa Margoyoso dengan jarak pusat pemerintahan, dari jarak balai desa Margoyoso ke kecamatan sangat dekat sekali karena hanya dipisahkan oleh jalan raya, untuk balaidesa Margoyoso dengan jarak pusat pemerintahan kabupaten sekitar 18 kilometer, untuk jarak balai desa Margoyoso dengan jarak Pemerintahan Provinsi sekitar 52 kilometer dan untuk jarak balai desa Margoyoso dengan jarak Pemerintahan pusat Negara 37 kilometer, dan Margoyoso memiliki tanah kas desa 1.700 Ha.3
Jumlah penduduk desa Margoyoso pada tahun 2022 adalah sebanyak 7105 jiwa, terdiri dari laki-laki sebanyak 3604 jiwa dan perempuan sebanyak 3501 jiwa dan 2239 KK.
Arti Kata Margoyoso dan Asal Usul Kecamatan Kalinyamatan
Kata Margo yang berarti karena dan Yoso yang berarti mempunyai jadi desa margoyoso adalah desa yang mempunyai segala sesuatu. Asal mula nama kecamatan Kalinyamatan diambilkan dari nama Ratu Kalinyamat. Karena daerah Kalinyamatan merupakan bekas Kerajaan Kalinyamat, dengan dibuktikan banyaknya reruntuhan seperti benteng yang mengelilingi beberapa Desa di daerah Kalinyamatan diantaranya Robayan, Kriyan, Bakalan, Margoyoso, Purwogondo,sendang peninggalan lain seperti siti inggil Ratu Kalinyamat di Desa Kriyan Kalinyamatan.
Menurut sampai beberapa generasi sampai sekarang, ceritanya ketika Ratu Kalinyamat sedang sedih, susah maka beliau menghibur diri dengan berjalan keliling istana dengan menaiki kereta kencana yang berjalan diatas benteng yang ketebalan tembok benteng tersebut mencapai 4 meter sehingga bisa di lalui oleh kereta kencana beliau, peninggalan lain berupa sitinggil di Desa Kriyan.
Desa Kriyan merupakan pusat kerajaan pada waktu itu dengan berdirinya sebuah Masjid (Al- Ma’mur) selain itu di Desa Kriyan waktu itu banyak dihuni orang- orang penting dan kaum bangsawan. Karena suami dari ratu Kalinyamat adalah keturunan china, maka di daerah Kriyan banyak warga China, namun sekarang mereka sudah pindah daerah lain, namun kerajinan monel yang diwariskan sampai sekarang masih terkenal sampai keluar negeri.
Pada pemerintahan Ratu Kalinyamat dan Sultan Hadlirin pembangunan kerajaan mengalami kemajuan yang sangat pesat di berbagai bidang antara lain agama Islam, Sosial, Pertahanan dan Keamanan, serta kebudayaan terutama seni ukir. Dalam menjalankan pemerintahaannya di pusatkan di Kalinyamat sedangkan untuk tempat pesanggrahan atau peristirahatan dan pertapaan di desa Mantingan yang sekarang menjadi makam Sultan Hadlirin dan Ratu Kalinyamat beserta keluarganya.